阪神・淡路大震災をひとつの契機として、市民活動の重要性が改めて認識されるとともに、市民活動団体が抱える様々な課題を社会的にどのように解決していくかということが、全国で盛んに論議されるようになりました。
仙台市においても、1995年（平成7年）から1997年（平成9年）にかけて、市民と行政の連携のもと、市民活動を支援していく仕組みづくりなどについて、幅広く調査研究が行われました。 その結果、活動の拠点・団体間の交流（ネットワーク）の拠点・情報交換の拠点としての機能を持ったサポートセンターの必要性が認識されるようになりました。

仙台市では、これらの調査研究成果を受けて、都市づくりのガイドラインとなる「仙台市総合計画」に市民活動の重要性について盛り込み、市民活動支援の姿勢を明確に打ち出しました。
そして、1997年（平成9年）に市民活動関係者や学識経験者を中心とする「仙台市市民公益活動支援策検討委員会」を設置し、具体的な詮索の検討を開始。
その検討の中で、仙台市が行う市民活動支援策の柱のひとつとして、市民活動サポートセンターの設置が位置づけられていきました。また、続く1998年（平成10年）には「（仮称)仙台市市民活動サポートセンター整備市民委員会）を設置、サポートセンターの施設構成や管理運営の形態などについて具体的な検討が行われました。この検討プロセスの中で、市民と行政との意見交換会が何度も開催されるなど、市民参加・市民主体の論議が活発に展開されました。

その結果、仙台市が施設を設置し、その管理運営を公開コンペ方式で選考された市民活動団体が担うという、いわゆる「公設民営」型のサポートセンターの構想が具体化しました。

サポートセンターの開設に向けて、仙台市では1999年（平成11年）3月にサポートセンターの管理運営団体を公募しました。そして、応募条件にあたる2団体について、同月設置された「仙台市市民活動サポートセンター管理運営団体選考委員会」の場で審査が行われました。
公開コンペ方式で行われた審査の結果、「せんだい・みやぎNPOセンター」が管理運営団体に選考されました。 このような経過を経て、1999年（平成11年）6月30日、全国初の「官設NPO営」の仙台市市民活動サポートセンターがオープンしました。